Sergeant Keroro en zijn vier ondergeschikten kwamen van de planeet Keron om de aarde te veroveren. Maar zonder voorafgaande kennisgeving begonnen ze te genieten van het leven op aarde. Keroro zou bij Hitana blijven om de kans te krijgen de aarde te veroveren, maar hij raakte bevriend met Hinata's zoon, Fuyuki. Vandaag gaat Keroro, zoals gewoonlijk, samen met Fuyuki zijn favoriete plastic Gundam-model kopen. Op weg naar huis vinden ze een klein heiligdom en gaan naar binnen. Daar vinden ze een vaas, die ze toevallig breken. Sinds de volgende dag gebeuren er overal in de stad vreemde dingen en zijn de mensen in paniek. In de vaas zat Kiruru, het eeuwenoude ultieme wapen van Keron, verzegeld. Op dit moment verschijnt Mirara, die het geheim van de Kiruru bewaart, en informeert hen over de enige methode om de aarde te redden. Echter...